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Git : https://prenom.nom@forge.i2bc.paris-saclay.fr/git/bioi2_formations/bioi2_formations.git

Snakemake training exercises

Git: https://login@forge.i2bc.paris-saclay.fr/git/bioi2_formations/snakemake_examples.git

Retour Léa (octobre 2026) : envs. yaml pour install avec conda, problème de version cluster IFB = nodes/multiqc-1.9 , conda = 1.35
basculer avec pixi ? (non tant que smk ne gère pas pixi nativement)

présentation

AG IFB 2026

Titre de la présentation
(exposé) Organisation de l'offre de formation à l'I2BC
Nom(s) de la ou des personnes qui feront la présentation orale : CTN volontaire
Noms des autres contributeurs du projet présenté: créateurs du contenu des formations : CHLOÉ QUIGNOT, Fadwa El Kadar, BR, ED, CTN, THIBAULT TUBIANA, FABRICE LECLERC, RAPHAEL GUEROIS
Résumé de la présentation
A l'institut de biologie intégrative (I2BC) réunissant ~500 personnes, la plate-forme de Bioinformatique Intégrative (BioI2) anime un support bioinformatique auprès des collègues qui en ont besoin. En plus des demandes de réalisation des projets choisis par les responsables scientifiques de la plate-forme, BioI2 propose des sessions de formations d'initiation à différents outils bioinformatiques tels que bash, l'utilisation du cluster de l'institut,alpha-fold, git ou encore snakemake. Nous avons organisé ces formations selon 2 modalités, la première avec des sessions d'1/2 journée sur un outil (4 à 6 sessions par an) et la seconde sous la forme d'un bureau ouvert (1/2 journée mensuelle). Nous présentons un retour d'expérience de ces actions de formations en internes.

Plan:
Contexte : I2BC : Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
moyens humains: xx personnes en bio-paillasse, xx personnes (équipe Bioinfo + PF BioI2, xx personnes info (SICS), xx personnes Administration
moyens matériels: cluster de calcul de l'I2BC (maintenu par le SICS), actions de la plate-forme BioI2 (4??? ETP)
une des missions de BioI2 == formations
- formation pensée pour être accessible aux personnes disposant de peu de connaissance informatique
- uniquement les 1ers pas
- temps de pratique accompagné > temps de théorie (inspiration de l'EB3I, Roscoff)

2 organisations temporelles :
- 1/2 journée avec 30-45 minutes d'introduction théorique avant la mise en pratique avec l'encadrement des formateurs
- sessions régulières "Q&A Bioinfo" (1ère le ??, chaque 2,5 mois au début, chaque mois depuis octobre 2026) Retour d'expérience : personne la 1ère fois (on a travaillé entre formateurs) puis de + en + de collègues, actuellement ~2 personnes par formateur présent

Le matériel est accessible sur le site web de l'I2BC : présentation théorique + partie pratique qui est conçue pour être réalisée en autonomie
permet:
- de lancer la partie pratique après la présentation théorique, chacun avance à son rythme
- de proposer un encadrement à la carte lors des Q&A
- aux bioinfo de s'autoformer (ex. stagiaires)

Liste des formations, création date, nombre de sessions, nombre d'apprenants :
- First steps with the command line (BASH – level 0) : pré-requis sandboxBio, construction d'une commande bash (argument, option), se déplacer dans l'arborescence ; Pratique : GameShell
- Using the I2BC cluster : notions connexion ssh, cluster, scheduler des jobs, ressources partagées (espaces et noeud de calcul), suivi des jobs ; Pratique : i) se connecter, lancer une fenêtre bash interactive, ii) soumettre un job et analyser sa consommation iii) choisir 1 exemple de lancement d'un job parmi 3 selon sa sensibilité bio (RNAseq QC analysis with FastQC, Aligning protein sequences with MAFFT, Comparing protein structures with TM-align)
- First steps with code versioning (Git – level 0) : Git (init + cycle de versionning add-commit, status, historique), la forge de l'I2BC (redmine/Git) vs. Gitxxb, modif du cycle de versionning avec un dépôt distant (pull, push), Pratique : transférer un script dans un projet, plusieurs passes de modifications, effacer le local et reprendre la version de la forge
- Introduction to Snakemake : notions : workflows, Snakemake & rules, SnakeFiles, a 2-step workflow example (cat 2 proteins in 1 file, align) ; Pratique : i) lancer un smk déjà codé ii) créer un WF règle par règle (FastQC, MultiQC) iii) généraliser (glob_wilcard, configfile) iv) smk dans un env. HPC
- (Basics in NGS analysis)
- Visualisation & manipulation of protein structures : Pratique : i) The ABC of protein structure (composition & format), Where to get them?, How to visualise proteins with ChimeraX
ii) What is AlphaFold?, How to use it?, Understand the outputs

Retour d'expérience